MBR膜系统产水泵出口需设置转子流量计以及手动调节阀门调节流量，如未设置出口手动阀调节产水流量，在MBR膜组件处于新膜状态或刚刚进行离线后较为通畅时，如设计10m³/H往往实际产水量在15m³/h甚至更大，这样的运行极大的增加MBR膜的污堵。

根据MBR膜系统设计的实时产水量进行控制这是MBR膜的设计参数也与MBR膜系统设计时的配套装置膜数量以及膜元件预计寿命息息相关。例如设计15L/㎡/H及每平方米膜每小时通量15L,设计通量是根据MBR膜能在一定清洗周期下稳定运行的设计量参数，当实际运行超过这个数值MBR膜预先设定的反洗流量，清洗周期，曝气量均不满足能使MBR膜稳定运行的寿命，故而MRB膜的设计通量需要严格把控，不可随意增大。