MBR膜组件的清洗按照原理分离可分为物理清洗、化学清洗以及物理化学清洗。

物理清洗包括：气擦洗、反冲洗、高压水枪喷射清洗。

化学清洗包括：药剂浸泡

物理化学清洗包括：反冲洗加药等。

在实际操作过程中常常采用各种清洗办法组合清洗，以达到的清洗效果。