对于MBR膜的化学清洗基本可以分为两种，在线化学清洗与离线化学清洗。

在线化学清洗是指将药剂加入杀菌药剂随反洗进入膜内至膜池，一般次氯酸钠入膜内≤500PPM,这个剂量对于MBR膜池内的活性污泥而言不会产生任何印象，不至于影响生化系统的正常运行，且药剂是先接触膜表面的附着的活性污泥，过量的药剂才会对膜池内的活性污泥产生影响。

离线清洗更不会对膜池内的活性污泥产生影响，因为膜堆是整个从膜池吊出清洗的。