大量消泡剂对MBR膜，膜生物反应器影响较大，由于消泡剂属于高分子聚合物，这种聚合物容易堵塞膜表面致密的膜孔，且很难通过反洗冲出，又因其为高分子聚合物又很难通过氧化剂进行氧化溶解，故而在使用消泡剂时因注意用量，不可单次大量使用。