浸没式超滤虽然为MBR（膜生物反应器）在膜形式上相同，且在配套装置上也是大同小异，但在实际运行过程当中，运行参数以及运行方式则大不相同，在实际运行过程中，MBR膜的曝气一般采用连续曝气不停止，运行时间一般为运行8分钟停止2分钟；而浸没式超滤在曝气反洗停止方面则是长时间间歇周期进行，一般浸没式超滤连续运行30-60分钟后连续曝气5-10分钟并且进行反洗，结束后一次性将膜池中的水排出，后在进行运行产水30-60分钟。